Für eine Grundimmunisierung sind drei Impfungen nötig. Nach der ersten Impfung wird am besten einen Monat gewartet bis zur zweiten Gabe und die dritte Impfung ist dann 9 bis 12 Monate später fällig. Ein ausreichender FSME-Schutz ist frühestens ab dem 14. Tag nach der zweiten Impfung zu erwarten, also frühestens 6 Wochen nach der ersten Impfung.
Es sind zwei Impfstoffe für Kinder ab einem Jahr zugelassen, Encepur Kinder und FSME Immun Junior. Beider dürfen auch nach einem Kurzzeit-Impfschema verabreicht werden (etwa vor Reisen in FSME-Gebiete, wenn ein rascher Schutz erforderlich ist). Bei Encepur erfolgt dann die zweite Impfung bereits 7 Tage nach der ersten und die dritte Gabe nur 14 Tage später. Bei FSME Immun Junior kann die zweite Gabe 14 Tage nach der Erstimpfung geben werden und die dritte Impfung erfolgt 5 bis 12 Monate nach der zweiten Gabe.
Wann immer möglich, sollte nicht nach dem Kurzzeit-Impfschema geimpft werden, da hier die Immunantwort deutlich schwächer ausfällt. Es werden also weniger schützende Antikörper gegen FSME gebildet. Deswegen muss die erste Auffrischimpfung bereits nach 12 bis 18 Monaten gegeben werden (sonst nach 3 bis 5 Jahren).
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